Dal 1999. Viene costituita una nuova Msu per la Kfor .

Mitroviça, febbraio 1999: i Carabinieri offrono assistenza alla popolazione Kosovara, provata da un lungo periodo di instabilità politica.Nel febbraio 1999 la crisi kosovaro-albanese è al culmine. I Carabinieri sono impegnati in Kosovo con la Kvm (Kosovo Verification Mission, Missione di Verifica in Kosovo), come osservatori militari, sotto bandiera Osce (Organization for Security and Cooperation in Europe, Organizzazione per la Sicurezza e la Cooperazione in Europa), con complessivi 15 militari distribuiti tra Pec, Pristina, Mitroviça, Prizren, Ohrid. Sono nel contempo impegnati in Albania con le tre Missioni Ueo-Mape, Bilaterale e Die, e in Bosnia principalmente nella Msu-Sfor.
L'intervento in Albania, che doveva essere richiesto dallo stesso Governo albanese, era previsto per contrastare il flusso di armi che arrivava all'Esercito di Liberazione del Kosovo, il noto Uck, che con questi supporti contribuiva a perpetuare la instabilità dell'area. Quell'intervento si concretizzò nell'Afor. Le Forze Armate serbe e i rappresentanti della Nato avevano firmato in quel periodo un Accordo Tecnico-Militare (Military-Technical Agreement, Mta), in seguito al quale il Consiglio Atlantico aveva autorizzato la presenza in Kosovo di una Forza multinazionale, la Kfor (Kosovo Force, Forza per il Kosovo), alla quale partecipavano Paesi membri della Nato e non. L'operazione era individuata in ambiente militare con il nome di Joint Guardian e aveva come compito principale quello di verificare e imporre, se necessario con la forza, i termini del Mta. Questo doveva avvenire in attesa di un Accordo di Pace, che consentisse un rientro ordinato e sicuro dei profughi e una soluzione pacifica della crisi i n Kosovo.
La Nato riteneva di poter impiegare circa 1.000 uomini e di costituire una Msu (Multinational Specialized Unit, Unità Multinazionale Specializzata) a supporto. L'Italia si dichiarò disponibile per questa crisi e partecipa a questa missione con un ampio contingente interforze che controlla l'area di Nord-Ovest del Kosovo, con Quartier Generale a Pec, in Macedonia. Fu previsto l'impiego di una Brigata meccanizzata su 2.300 unità. A Pec, dove la Brigata italiana si schierò, furono impiegati, considerata la particolare situazione del territorio, 70 carabinieri.
I compiti di questa Compagnia di Polizia Militare sono quelli comuni a questo tipo di unità e cioè le scorte di sicurezza e viabilità ai convogli; la protezione del Comandante della Forza; il controllo specializzato del traffico; l'attività di polizia giudiziaria militare, la conoscenza informativa del territorio, il controllo del personale militare e la vigilanza dello stesso. In questo caso, come già in altri, c'è poi il compito d'imporre la legge e di mantenere l'ordine pubblico.
Il collegamento con le altre Squadre di Polizia Militare è assicurato dal Provost Marshal, Consulente del Comandante Nato per le operazioni di polizia militare, i cui compiti sono quelli di raccordare le attività delle Polizie Militari nazionali e di esaminarne i rapporti. Per la Kfor questo incarico è stato quasi sempre dato a un ufficiale dell'Arma, chiamato così a svolgere compiti dagli aspetti nazionali e internazionali delicati e complessi, e che ha potuto agire da Consulente giuridico e Consulente di Polizia Militare. La Brigata italiana si integrò nella Multinational Brigade West, Brigata Multinazionale Ovest, a comando italiano, nella quale erano inserite truppe provenienti dalla Grecia, dalla Turchia e dalla Repubblica Ceca. L'impegno dei Carabinieri è aumentato sensibilmente nel corso del 1999, anche dal punto di vista delle responsabilità della logistica e della motorizzazione.

Giugno, 1999: i Carabinieri impegnati in una operazione di pattugliamento appena fuori la città di Metroviça.Si imponeva la realizzazione di una Msu per la Kfor, così come era stato deciso: i tempi erano molto ristretti e occorreva selezionare rapidamente il personale e costituire i reparti ad hoc, soprattutto tenendo in conto che la maggior parte di coloro che già avevano esperienza di servizio all'estero e conoscevano le lingue richieste erano impegnati in altre missioni. Nel marzo 1999 si procedette alla formazione del Reparto, dovendo fare questa volta sempre più ricorso anche a militari volontari della "territoriale", essendo già stata attivata la Msu-Sfor-Bosnia, alla quale partecipavano sia il 7° Battaglione "Trentino-Alto Adige" che il 13° Battaglione "Friuli-Venezia Giulia". Per il personale selezionato per il Kosovo fu previsto il consueto periodo di addestramento presso il 7° Battaglione "Trentino-Alto Adige" che comprendeva Diritto internazionale umanitario, procedure della Nato, tecnica della circolazione stradale, caratteristiche specifiche della Polizia Militare internazionale. Era stata programma ta anche una serie di conferenze di approfondimento sulla situazione nei Balcani.
Un Nucleo Avanzato di 6 unità per la Msu-Kfor lasciava l'Italia nel luglio 1999. La piena operatività era prevista per l'inizio di agosto. La Msu doveva controllare il territorio, anche con pattugliamenti mirati, ottenendone una conoscenza approfondita, attraverso la raccolta di informazioni per quanto riguardava l'ordine pubblico e la sicurezza. Poteva avere interventi mirati su luoghi ritenuti ad alto potenziale di rischio. Allo stesso tempo rientravano nei suoi compiti l'assistenza, la consulenza e il monitoraggio della Polizia locale anche nel settore investigativo e informativo, qualora ciò fosse previsto negli organici locali. Doveva altresì collaborare, nel quadro dell'assistenza umanitaria, con le organizzazioni internazionali che si occupavano dei rifugiati.
Per quanto riguardava la Compagnia di Polizia Militare dislocata a Pec, fin dall'inizio della loro missione i militari dell'Arma avevano trovato una difficile situazione: nell'area di responsabilità erano entrati in totale circa 380.000 rifugiati, il 90 per cento delle masse in movimento, e vi erano state esplosioni di violenza contro i collaborazionisti serbi. La Compagnia era organizzata su un Comando, una Squadra comando, una per il controllo del traffico, una per la protezione ravvicinata, due per rilievi e investigazioni e due Plotoni di intervento: in tutto 70 uomini, come sopra già ricordato. Una task force a livello di Squadra di questa Compagnia fu inviata a Mitroviça, con soli compiti di polizia militare, nel marzo 2000.
Nel novembre 1999, su mandato del Governo italiano, l'Aeronautica Militare ebbe affidato l'incarico di costruire in zona un aeroporto e vi fu necessità di rinforzi, oltre ai carabinieri che normalmente effettuavano il loro servizio presso quei reparti. Infatti, nell'ambito della Operazione Joint Guardian in Kosovo svolgeva servizio anche del personale dei Carabinieri di supporto alle unità dell'Aeronautica con compiti di sicurezza e polizia militare. Quando fu costruito un aeroporto nella zona di Pec, a Djakovitza, ulteriori unità furono inviate a integrazione del Reparto che già era presente con l'Aeronautica Militare: 10 elementi, tuttora presenti, con compiti di polizia militare.
Nel febbraio 2000 la Nato chiedeva all'Italia di subentrare quale lead nation alla Gran Bretagna nella gestione dell'aeroporto di sbarco di Pristina Slatina: dal 30 giugno successivo l'Aeronautica Militare italiana assumeva l'incarico. Anche in questo caso dei militari dell'Arma furono aggiunti a quelli già in servizio presso l'Aeronautica, destinati al seguito del contingente, nel numero di 11 unità, che sono ancora presenti sempre con compiti di polizia militare. Questi reparti non sono inseriti nell'organico della Brigata.

La popolazione civile accoglie con simpatia i componenti del contingente MSU in Bosnia.La Msu della Kfor si avvale attualmente di 269 unità e ha la sede a Pristina. I suoi compiti sono stati illustrati e sono similari a quelli dell'Unità gemella che opera con la Sfor. Tra gli altri successi ottenuti, bisogna ricordare una nuova professionalità raggiunta nel settore dell'informatica e della sua applicazione alla lotta di contrasto con la criminalità organizzata: i carabinieri della Msu-Kfor hanno realizzato uno dei migliori data base in termini di informazioni sulle attività criminali e su coloro che detengono il controllo della illegalità diffusa. Questo riconoscimento è stato tributato più volte dai Comandanti della Kfor.
I vasti settori in cui il servizio si svolge e i risultati ottenuti dimostrano che la concezione delle Unità Specializzate (Msu) è ben rispondente alle esigenze attuali di mantenimento della stabilità e della sicurezza di un territorio, in un quadro di competenze specifiche e molto particolari, che trattano anche di problematiche in cui sono coinvolte le popolazioni civili.