Il contingente della MSU viene dislocato sul territorio di competenza delle Divisioni Multinazionali sotto il comando di Stati Uniti, Gran Bretagna e Francia. Anche se per precedenti missioni non si è dato un particolare rilievo ai dettagli per quanto riguarda la catena di Comando e di Controllo, è interessante invece, nel presente caso, fornire qualche informazione in più, considerata l'importanza dell'Unità e la sua novità: il Comando Generale dell'Arma, per garantire e ottimizzare l'efficienza della missione, riteneva, come migliore soluzione, che, indipendentemente dallo schieramento delle Forze sul terreno, fosse indispensabile che il Controllo Operativo sui Reparti Msu fosse sempre assegnato al Comando della Msu e che il Controllo Tattico delle singole unità Msu, dislocate sul territorio di competenza delle Divisioni Multinazionali, fosse attribuzione dei Comandi di quelle Divisioni solamente quando necessario, contingenza da valutare caso per caso da parte del Comando di Sfor, riservando al Comando dell'Unità Specializzata ampio spazio di manovra.
Le decisioni a livello Nato furono diverse relativamente a questo aspetto. Fermo restando che il Comando Operativo della Msu è di competenza, per l'ordinamento italiano, del Capo di Stato Maggiore della Difesa (che lo esercita tramite il Comando del Coordinamento Operativo Interforze, Coi), fu deciso che gli Stati membri del Patto Atlantico, titolari del controllo politico, avrebbero delegato, come sempre avvenuto, il Controllo Operativo dell'Unità al Comandante Supremo delle Forze Alleate in Europa (Saceur), il quale a sua volta lo delegava al Comandante della Sfor. Il Comandante della Msu avrebbe avuto il Controllo Tattico su tutte le componenti della Msu, autorizzata all'impiego nell'intera Bosnia-Erzegovina, su delega del Comandante di Sfor. Il Controllo Tattico su quegli elementi Msu che erano temporaneamente assegnati nelle aree di competenza (Aor.s, Areas of Responsability, Aree di Responsabilità) delle singole Divisioni Multinazionali, sarebbe passato automaticamente, e non caso per caso da valuta re, come avrebbe preferito l'Arma, ai relativi Comandi delle Divisioni. Per asserire la caratteristica di multinazionalità dell'Unità, nella struttura di Comando avrebbero trovato collocazione ufficiali provenienti dalle nazioni partecipanti alla Forza di Stabilizzazione.
È altresì interessante sottolineare, ai fini della valutazione del prestigio raggiunto dall'Italia nel settore d'impiego delle Polizie Civili e Militari multinazionali, che fu dato all'Arma il compito di individuare i requisiti delle forze che avrebbero dovuto essere impiegate in Bosnia per la Msu e di procedere alla valutazione delle forze messe a disposizione dai Paesi non Nato. La presenza nell'Unità di queste ultime truppe non veniva ammessa se non vi era stata la preventiva certificazione italiana di idoneità operativa per la Msu, dopo un complesso, intenso periodo di addestramento di due settimane del contingente straniero a Gorizia. Questo tipo di servizio ha impegnato una decina di istruttori italiani, costituendo un ulteriore sforzo umano e finanziario.
Bisogna ricordare inoltre che il periodo di istruzione e addestramento serve anche come periodo di amalgama tra la componente straniera e il Comando italiano, espressione dell'Arma, con le sue caratteristiche operative, indicate come le migliori per l'azione della Msu in Bosnia. È necessario che le varie componenti arrivino in Bosnia, o ovunque siano inviate, già addestrate nelle operazioni di base condotte a livello multinazionale, ad esempio pattugliamenti e controllo della folla, e che siano capaci di agire rapidamente e professionalmente in una situazione di crisi di particolare rischio e tensione nella quale può essere coinvolta la popolazione civile.
Gli accertamenti ai quali un apposito Nucleo di Carabinieri certificatori deve far sottostare le truppe straniere riguardano vari settori: dall'addestramento, all'organizzazione, alla logistica, all'equipaggiamento; vanno anche fatte valutazioni sulle capacità operative dell'unità proposta per l'impiego in Msu. Le strutture italiane devono inoltre fornire al Consiglio Atlantico le raccomandazioni per le ulteriori valutazioni di queste forze; ancora una volta un compito di grande responsabilità internazionale, ma anche di grande visibilità: il riconoscimento di una attività specializzata condotta con rigore professionale.

Sarajevo, 1998: a comporre l'Unita Specializzata, rappresentanti di diverse nazioni.Il 23 aprile del 1998 un Nucleo Avanzato del Comando del Reparto Msu, composto da 7 ufficiali, partiva alla volta di Sarajevo per concertare con le autorità Nato tutte le predisposizioni a livello Comando Operativo e gli aspetti tecnico-specialistici. Bisogna ricordare che presso lo Stato Maggiore della Difesa italiano, che ha avuto una parte di rilievo nel coordinamento della progettazione, veniva contemporaneamente attivato un Nucleo Italiano di Pianificazione per la Msu, composto di rappresentanti di quello Stato Maggiore Difesa, dello Stato Maggiore dell'Esercito (organi che, come nelle altre missioni "fuori area", erano coinvolti istituzionalmente, e che hanno sempre dato un contributo altamente professionale), e del Comando Generale, per un necessario coordinamento della pianificazione operativa e logistica, per la concertazione e il relativo coordinamento con gli organi del Quartier Generale Supremo delle Potenze Alleate in Europa (Shape), con lo Sfor e con gli altri Paesi che contribuivano alla Un ità di nuova formazione. Il Nucleo di Pianificazione si occupò anche di tutte le altre importanti attività operative che preludevano all'effettivo inizio del dispiegamento dei militari italiani Msu in Bosnia.
Più della metà della nuova Unità sarebbe stata costituita dai Carabinieri: 28 ufficiali, 98 marescialli, 259 tra appuntati e carabinieri. Altro numero interessante e significativo da segnalare: 104 gli automezzi il cui impiego era previsto nell'Unità, senza calcolare quelli delle componenti del Gruppo d'Intervento Speciale (Gis) e paracadutiste. In nessuna missione precedente vi era stato un così imponente impiego di mezzi da parte dell'Arma. Imponenti anche la quantità di materiale di informatica destinato all'operazione (il ricorso massivo alle nuove tecnologie era indispensabile per l'attività investigativa, reputata fra le più importanti per lo svolgimento del mandato), il materiale per le trasmissioni, quello sanitario e quello di veterinaria, essendo previste anche unità cinofile.
La Msu non viene assolutamente coinvolta nell'addestramento delle Polizie locali, a meno che non riceva espressa richiesta dalla Iptf, in modo da evitare qualsiasi confusione possibile con i compiti di quest'ultima. La Iptf ha stabilito una Cellula di Coordinamento presso il Comando della Msu, per i raccordi auspicati e necessari. Per riassumere, dunque, il Reggimento della Msu si configura come una nuova unità della Sfor, composta da elementi di Polizia a status militare; opera con competenza su tutto il territorio della Bosnia-Erzegovina ed è posta alle dirette dipendenze del Comando della Sfor (ComSfor), così come le tre Divisioni Multinazionali, che, come detto, sono sotto il comando di Stati Uniti, Gran Bretagna e Francia. Agisce in un ambiente reso sicuro dalla Sfor, assistito anche dalle risorse delle Divisioni Multinazionali, specialmente per quanto riguarda l'attività informativa. Il dispiegamento dell'Unità è mobile e temporaneo in aree di potenziale tensione e rischio, per un preciso e limitato periodo di tempo: si arriva così a un controllo selettivo ma approfondito del territorio. Vi sono poi delle aree di particolare rischio aggravato, i cosiddetti hot spots (aree calde), sulle quali la Msu opera con l'appoggio delle Divisioni Multinazionali.
Nel quadro del controllo del territorio a fini informativi, per prevenire possibili turbative alla stabilità e alla sicurezza, sono previsti pattugliamenti lungo la rete stradale e nei centri urbani, anche con lo scopo preciso di avere una visibilità capillare sul terreno, ottenendo così non solo il consenso ma anche, ove possibile, l'aiuto delle popolazioni civili. Le pattuglie si muovono in coordinamento con la Iptf e la Polizia locale, ma conservano la propria autonomia sulla scelta degli itinerari, degli orari e delle modalità operative. È importante altresì per le componenti della Msu mantenere regolari rapporti con le municipalità locali. Per quanto riguarda l'impiego in attività di ordine pubblico, questo avviene su ordine del Comando di Sfor, con l'appoggio eventuale delle Unità Divisionali Multinazionali: un impiego attentamente pianificato, con le opportune garanzie per gli elementi militari coinvolti e la popolazione civile.