L'Italia doveva continuare ad essere presente nel processo decisionale sviluppato dall'Alleanza militare europea, quale strumento operativo dell'Unione, chiave nel settore della gestione delle crisi nelle quali era coinvolta la popolazione civile. Doveva evitare che soprattutto quei settori di attività che coincidevano con il profilo professionale delle proprie Forze di Polizia a ordinamento militare, cioè i Carabinieri, fossero quasi esclusivamente affidati a personale con status di Polizia Civile, sicuramente ben preparato, ma non addestrato nel mantenimento dell'ordine pubblico in particolari situazioni di tensione. La rappresentanza italiana fu approvata e divenne effettiva dal 27 aprile 1998 in concomitanza con la Presidenza italiana Ueo: un ufficiale dell'Arma fu inviato in Albania per essere impiegato nell'ambito della Mape, quale ufficiale di collegamento con la Cellula di Pianificazione Ueo, per il semestre italiano. Nell'aprile del 1999 l'Italia era presente nella missione con 14 unità, delle qu ali 9 dell'Arma, 3 della Guardia di Finanza e 2 del Ministero dell'Interno.
Su impulso della Presidenza italiana Ueo, l'Ambasciata d'Italia a Tirana si fece promotrice di una collaborazione fra le missioni di assistenza all'Albania presenti sul territorio. Nel settembre 1998 si arrivò al coordinamento con un gruppo di collegamento (Steering Committee) fra Mape-Ueo e missioni bilaterali - sia quella italiana interforze che quella bilaterale turca; assente invece dal quadro di cooperazione quella bilaterale greca -, la cui mancanza stava procurando duplicazioni di sforzi operativi e logistici nel quadro dell'assistenza alla Polizia albanese. Fu anche avvertita la necessità di realizzare il coordinamento delle attività addestrative, per ottenere programmi dai contenuti uniformi e di fare una collazione di dati per monitorare le località e le unità di Polizia già addestrate o da addestrare. Di particolare importanza, si decise, era la collaborazione per quanto riguardava la Polizia di Frontiera, la Polizia del traffico e quella relativa alle Forze di Reazione Rapida.
Da non dimenticare che un ufficiale dell'Arma continuava a ricoprire in quel periodo l'incarico di Valutazione (Evaluation), cioè di analisi dei progressi della Polizia albanese, e un altro era l'ufficiale di collegamento Mape-Ueo: due compiti in snodi chiave della struttura. La missione diveniva infatti sempre più complessa per gli sviluppi internazionali in sede Ueo e Nato. A livello italiano, nel 1998 l'Arma ne sosteneva quasi tutto il peso: su 13 unità presenti, 9 erano suoi ufficiali e sottufficiali.
Alla fine di novembre del 1998 a Bruxelles fu deciso di rivedere l'intera strategia della Mape: fu aumentato il numero dei consulenti (gli Advisors) sia nel Ministero dell'Ordine Pubblico che sul territorio, e furono istituite unità mobili, composte da consiglieri ed istruttori presso le Direttorie Regionali e i Commissariati. Intanto in Albania era stato tenuto un referendum riguardante la nuova Costituzione e la maggioranza aveva votato a favore di essa: la vita politica lentamente sembrava tornare alla normalità.
Nel gennaio 1999 continuò lo sforzo di riorganizzazione e ottimizzazione della struttura della Mape per una sua ulteriore estensione, prevedendo una forza complessiva di 136 unità, con un incremento di 27 rispetto alla forza attiva in quel momento. Vi era l'esigenza di ampliare la missione e assistere sempre più il Governo albanese nei suoi impegni di mantenimento dell'ordine pubblico e nell'esercitare le funzioni doganali, compiti peraltro già individuati al luglio del 1998. Inoltre la situazione albanese era ancora instabile, specialmente dopo i fatti tumultuosi del marzo 1997, le manifestazioni antigovernative e il quasi completo collasso delle Forze Armate, sempre nel 1997.

In sintesi, ecco l'assistenza che veniva offerta all'Albania in quel periodo dalle varie nazioni: il Regno Unito dava supporto bilaterale alla Polizia albanese in stretta collaborazione con la Mape; gli Stati Uniti avevano un programma di addestramento per le Forze Speciali di Polizia e un Programma Internazionale di Assistenza per l'Addestramento all'Investigazione Criminale (International Criminal Investigation Training Assistance Program, Icitap); però nel 1998 gli esperti statunitensi avevano già lasciato l'Albania per ragioni di sicurezza; la Germania aveva fornito addestramento e dato materiale (piccoli autobus, moto) per le investigazioni criminali; la Grecia organizzava corsi di addestramento. Anche la Turchia organizzava corsi di addestramento per gli ufficiali albanesi di Polizia nella Accademia Turca di Polizia; aveva dato inoltre equipaggiamento speciale per l'attività investigativa e aveva organizzato un corso per la prevenzione del contrabbando di droga.
Il 9 marzo del 1999, il Consiglio Direttivo dell'Ueo decise una nuova importante organizzazione della missione: la Mape assumeva anche delle caratteristiche operative, in base ad alcune richieste degli Stati membri dell'Unione. Si discusse inoltre, in quel periodo, della possibilità di nominare un Comandante Operativo (Operational Commander) che avrebbe dovuto tra l'altro elaborare gli organigrammi della nuova missione. Questa funzione fu poi rimodellata su quella di un Comandante in Capo (Overall Commander) dell'intera operazione. L'Italia rinnovò la disponibilità a candidare un generale di Brigata per quell'incarico e lo ottenne, grazie ad una sapiente diplomazia e ai risultati brillanti avuti sul terreno dalle proprie Forze Armate e in particolare, nell'ambito delle Polizie Civili e Militari, dall'Arma dei Carabinieri. Il candidato italiano, l'Ufficiale Generale dell'Arma proposto, fu preferito al tedesco e all'inglese, peraltro presentatosi fuori tempo massimo, facendo leva sul fatto che il tedesco e l'inglese erano appartenenti alla Polizia Civile e non Militare, mentre l'ufficiale italiano aveva esperienza di precedenti missioni e risultava più idoneo all'assunzione di un Comando operativo. In effetti l'Ufficiale Generale dell'Arma era già ben noto in campo internazionale per aver guidato, con grande competenza, altre missioni italiane di Polizia all'estero: un valore aggiunto alle caratteristiche professionali in possesso del candidato.
L'8 aprile 1999 il Gruppo Politico Militare della Ueo, composto dai 28 Paesi membri, raggiunse il necessario accordo e designò il generale italiano a Overall Commander (Comandante in Capo): la nomina fu formalizzata il 13 aprile successivo. Ancor prima di assumere ufficialmente l'incarico, il 14 aprile, il Generale Comandante fu ricevuto dal Segretario Generale della Ueo e da altre autorità militari e civili di Bruxelles, che dimostrarono la loro conoscenza dell'intenso lavoro svolto dall'Arma nelle varie missioni all'estero e apprezzarono l'immediata disponibilità dell'alto ufficiale italiano ad essersi recato a Bruxelles per i contatti preliminari. Il Comandante Overall della Mape ha operato alle dirette dipendenze del Consiglio della Ueo, implementandone le decisioni e adottandone le direttive, per mezzo di istruzioni tecniche e di ordini da impartire alle forze che facevano parte della missione, tutti ufficiali di Polizia Giudiziaria, molti dei quali di grado elevato.
Il contingente dell'Arma venne così ad assumere, nel maggio 1999, una nuova configurazione. Un Ufficiale Generale fu impiegato quale Overall Commander con sede a Bruxelles; un ufficiale superiore presso la rappresentanza Ueo a Bruxelles, come Ufficiale di Collegamento con la Cellula di Pianificazione; due marescialli e un appuntato presso il Quartier Generale a Bruxelles; due ufficiali e sei marescialli quali istruttori in Albania; un ufficiale presso la Mape a Tirana, quale tramite istituzionale con la Cellula di Pianificazione presso la Ueo.